口袋铁拳的对战分为两个阶段，在拉开距离进行3D对战的场地阶段与强调近距离2D对战的决斗阶段之间互相切换。两个阶段的视角、操作与动作各有不同的特点。
场地阶段(フィールドフェイズ)采用3D视角，可以在场地上自由奔跑，以对手所在的方向为前方，通过方向键控制前后左右移动。 在场地阶段，可以呼唤支援精灵、拾取共鸣能量等。
决斗阶段(デュエルフェイズ)采用2D视角，追求紧密的攻防动作，通过与方向键的组合来发出丰富多彩的招式。
共鸣爆发
共鸣爆发(共鳴バースト)是在共鸣槽蓄满之后才能发动强力状态，在一定时间里，攻击力与防御力提高，并回复少许体力。
在共鸣槽蓄满的状态下通过L+R发动。共鸣槽的填充速度、共鸣爆发的持续时间根据宝可梦的不同改变。
爆发攻击(バーストアタック)是在共鸣爆发中只能使用一次的超强力攻击，伴随着华丽的画面效果，给予对手造成大幅伤害。
每只宝可梦都有自己的爆发攻击，在共鸣爆发状态下通过L+R发动。
攻击类型
口袋铁拳的攻击类型有三种，分别是一般攻击、擒拿攻击与格挡攻击。这三种攻击方式如同石头剪刀布一样互相克制，造成克制时会发生暴击，增加共鸣槽。
一般攻击(通常攻撃)：通过X或Y等命令发动，丰富的攻击种类，能击退使用擒拿攻击的对手。
擒拿攻击(つかみ攻撃)：通过Y+B发动，使用时身体发出绿光，能抓住使用格挡攻击或防御中的对手进行攻击。
格挡攻击(ブロック攻撃)：通过X+A发动，使用时身体发出蓝光，能挡住对手的一般攻击并进行双倍奉还。